Integrated Genome Browser

Software Review

Integrovaný prohlížeč genomu (IGB) je otevřený zdrojový program používaný k prohlížení a prohlížení rozsáhlých souborů genomových dat. Můžete zobrazit různé formáty dat, komunikovat s daty, vytvářet grafy, ukládat informace jako obrázky a sdílet data se spolupracovníky.

IGB umožňuje zobrazit data z anotací a zarovnaných sekvencí. Program podporuje různé formáty, jako jsou FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband a GenBank. Můžete si vzít data a transformovat je do různých grafových formulářů včetně grafů nesouladu pro zvýraznění rozdílů dat a hloubkových grafů pro zobrazení pokrytí. Můžete také komunikovat s daty pomocí animací pro přiblížení a posouvání IGB.

IGB umožňuje přístup a načítání genomů ze stránek QuickLoad, což jsou jednoduché systémy adresářů, sekvencí a dalších datových souborů pro účely vizualizace. IGB poskytuje pokročilé funkce s podporou pluginu pro přidávání funkcí a automatizace pracovních postupů pomocí skriptů. IGB také nabízí pokročilé funkce pro sdílení vašich dat, ať už je to publikování jako vysoce kvalitní obraz ve formátu JPEG, PNG nebo SVG nebo ukládání dat do služby Dropbox, což umožňuje vašim spolupracovníkům přístup k vašemu projektu.

IGB je primárně používali vysokoškolští výzkumníci, biologové a bioinformatika. Poskytuje pokročilé nástroje pro otevírání různých formátů genomových dat, vizualizaci dat jako různých grafů a sdílení dat se spolupracovníky. Program se bohužel opírá o granty pro další rozvoj, což znamená, že podpora pro aplikaci by mohla kdykoli skončit. Integrovaný prohlížeč Genome je však stále schopný, přizpůsobitelný program pro uživatele, kteří chtějí prozkoumat a analyzovat svá data genomu.

Aktualizováno: 29. června 2016

▶ Použity další přípony souborů Integrated Genome Browser 9